बाली तथा वस्तु बिशेष अनुसन्धान कार्य गर्ने सोच अनुरुप नेपाल कृषि अनुसन्धान परिषद् अन्तर्गत यस कार्यालयको स्थापना भएको हो l यस भन्दा अघि बिभिन्न सांगठनिक स्वरुपमा यस कार्यक्रमले काम गर्दै आइरहेको थियो l सर्वप्रथम २०१८ सालमा कृषि बिभाग अन्तर्गत पारिपात्ले धनकुटामा सुन्तलाबाली अनुसन्धान केन्द्र स्थापना भयो l आ.व. २०२३/२४ मा कार्य क्षेत्र बिस्तार गर्ने योजना अनुरुप अन्य बागवानी जन्य बाली पनि समेटी यस केन्द्रको नाम “बागवानी अनुसन्धान केन्द्र” राखियो l पून: यस केन्द्रको कार्यक्रमलाई अझ व्यापक बनाउने उद्देस्यले यसलाई “धनकुटा कृषि केन्द्र” मा परिणत गरियो l २०२९ सालमा स्थापना भएको सुन्तला बाली बिकास कार्यक्रमलाई २०३१ सालमा पोखराबाट धनकुटाको यसै केन्द्रको परिसर भित्र स्थानान्तरण गरियो l २०४८ सालमा सुन्तला बाली बिकास कार्यक्रमको कार्यालय काठमाडौं, किर्तिपुरमा सारियो र धनकुटामा केन्द्रको फार्म र कार्यालय मात्र राखियो l कृषि सम्बन्धि सम्पूर्ण अनुसन्धानका कार्यहरु राष्ट्रिय कृषि अनुसन्धान तथा सेवा केन्द्र, खुमलटारबाट गराउने नेपाल सरकारको निर्णय अनुसार यस कार्यालय लाई पनि सोहि सेवा केन्द्र अन्तर्गत राखियो l पछी २०४८ सालमा सेवा केन्द्रको खारेजी भइ नेपाल कृषि अनुसन्धान परिषद्को स्थापना हुँदा यस केन्द्रलाई परिषद् अन्तर्गत राखी कृषि अनुसन्धान केन्द्र धनकुटा नामाकरण गरियो र दीर्घकालीन कृषि योजनाको मर्म अनुरुप २०५७ साल देखि “ राष्ट्रिय सुन्तलाजात अनुसन्धान कार्यक्रम ” को रुपमा यस कार्यालयले कार्य गरिरहेको छ l